Cục Biến đổi khí hậu có 3 phòng chức năng (Văn phòng, Kế hoạch - Tài chính, Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế); 3 phòng chuyên môn (thích ứng BĐKH, Kinh tế, Thông tin BĐKH, Giảm nhẹ phát thải KNK và Bảo vệ tầng Ô dôn) và 02 trung tâm sự nghiệp (Trung tâm Ứng phó BĐKH, Trung tâm Bảo vệ tầng ô dôn và Phát triển kinh tế các bon thấp)
1. Văn phòng;
2. Phòng Kế hoạch - Tài chính;
3. Phòng Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế;
4. Phòng Giảm nhẹ phát thải khí nhà kính và Bảo vệ tầng ô-dôn;
5. Phòng Thích ứng biến đổi khí hậu;
6. Phòng Kinh tế và Thông tin biến đổi khí hậu.
7. Trung tâm Bảo vệ tầng ô-dôn và Phát triển kinh tế các-bon thấp;
8. Trung tâm Ứng phó biến đổi khí hậu.
